针对您提出的“虚开发票税额40多万怎么处理”的问题，这确实是一个涉及税务法规和行政处罚的严肃议题。以下是我为您提供的清晰、详细、有深度的解答：
首先，我们需要明确的是，虚开发票是违反《中华人民共和国发票管理办法》和《中华人民共和国税收征收管理法》的行为。根据这些法规，虚开发票会受到相应的行政处罚，处罚的力度会根据虚开发票的金额和违法程度来确定。
对于您提到的虚开发票税额40多万的情况，根据相关法规，这属于违法程度严重的范畴。具体来说，如果虚开发票金额在40万元以上（不含本数）100万元以下的，税务机关会没收违法所得，并处10万元以上30万元以下的罚款。这是针对虚开发票行为本身的直接处罚。
然而，需要注意的是，虚开发票还可能引发其他税务问题，比如导致企业所得税少缴。如果税务机关在调查过程中发现企业存在少缴企业所得税的情况，并且这种少缴是由于虚开发票行为造成的，那么企业还可能面临补缴税款和罚款的双重处罚。以深圳某公司为例，该公司因40万元虚开的普票，被要求“补税+罚款”超900万元，这主要是由于公司未在规定期限内接受调查并提供账册凭证等资料，导致税务局无法准确核算企业所得税，最终按8%应税所得率核定应纳税所得额，并对少缴的税款处以百分之六十的罚款。
此外，如果虚开发票行为情节特别严重，或者涉及金额巨大，还可能构成刑事犯罪，需要承担刑事责任。不过，从您提供的信息来看，目前主要讨论的是行政处罚层面。
面对这种情况，建议您或相关企业：
立即停止虚开发票行为：确保今后所有发票的开具都符合实际经营业务情况。
积极配合税务机关调查：提供完整的账册凭证等资料，以便税务机关准确核算税款和进行处罚。
主动补缴税款和罚款：如果存在少缴税款的情况，应尽快补缴，并接受税务机关的罚款决定。
加强内部管理：建立健全的财务管理制度，防止类似行为再次发生。
最后，需要强调的是，虚开发票是严重的违法行为，不仅会导致企业面临高额的罚款和补缴税款，还可能损害企业的声誉和信誉。因此，企业应严格遵守税务法规，诚信经营，共同维护良好的税收秩序。