核心结论：
员工严重违纪但公司申诉程序流于形式，这可能导致公司在处理违纪员工时面临法律风险，包括但不限于被认定为违法解除劳动合同、需支付赔偿金等。公司应完善申诉程序，确保其合法、公正、有效，以维护自身权益和员工关系。
法律背景与分析：
- 申诉程序的重要性：
根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位在解除与劳动者的劳动合同时，应遵循法定程序，包括通知工会、听取劳动者意见等。申诉程序作为用人单位内部管理的一部分，其合法性和公正性直接关系到用人单位解除劳动合同的合法性。
- 申诉程序流于形式的法律后果：
如果公司的申诉程序流于形式，未能充分听取员工意见、未进行公正调查或未遵循法定程序，那么在解除与严重违纪员工的劳动合同时，可能被认定为违法解除。根据法律规定，违法解除劳动合同的，用人单位需支付赔偿金，赔偿金的标准通常为经济补偿标准的两倍。
- 完善申诉程序的建议：
为避免法律风险，公司应完善申诉程序，确保其合法、公正、有效。具体而言，可以包括以下方面：
- 设立专门的申诉机构或指定专人负责处理申诉；
- 制定明确的申诉流程和时限，确保员工能够及时、有效地提出申诉；
- 在处理申诉时，充分听取员工意见，进行公正调查，并形成书面记录；
- 根据调查结果，依法作出处理决定，并通知员工。
法律建议：
- 审查现有申诉程序：
公司应首先审查现有的申诉程序，识别其中存在的问题和不足，如流程不清晰、时限不明确、调查不公正等。
- 制定或修订申诉程序：
根据审查结果，公司应制定或修订申诉程序，确保其符合法律规定和公司实际情况。在制定或修订过程中，可以征求员工意见，增强程序的透明度和公正性。
- 培训员工和管理人员：
公司应组织员工和管理人员参加申诉程序培训，提高他们的法律意识和程序意识，确保申诉程序能够得到有效执行。
- 定期评估和改进：
公司应定期评估申诉程序的执行情况，收集员工反馈，及时发现问题并进行改进，以不断完善申诉程序。
可能的法律后果：
- 如果公司未能完善申诉程序，导致在处理严重违纪员工时被认定为违法解除劳动合同，那么公司需支付赔偿金，并可能面临其他法律责任，如恢复劳动关系、支付工资等。
- 此外，申诉程序流于形式还可能损害公司的声誉和员工关系，导致员工不满和流失，进而影响公司的正常运营和发展。
综上所述，公司应高度重视申诉程序的完善和执行，确保其合法、公正、有效，以维护自身权益和员工关系。如有任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。