针对您提出的“公司停止经营5年了，没有被发现有非法行为，还会被查吗”这一问题，以下是我的详细解答：

1. 追诉时效的考量：

   • 根据《刑法》的相关规定，对于法定最高刑不满5年有期徒刑的犯罪行为，经过5年将不再追诉。若公司过去的非法经营行为法定最高刑为5年以下，且5年内未被发现新的违法行为，那么从法律追诉时效的角度来看，通常不会再被追究。
   • 然而，如果公司过去的非法经营行为法定最高刑为5年以上，即使已经停止经营5年，且未被发现，理论上仍有可能被追究责任，因为追诉时效可能更长（如10年）。

2. 司法机关立案的影响：

   • 如果在非法经营行为发生时，司法机关已经立案侦查或受理案件，那么无论经过多长时间，只要嫌疑人逃避侦查或审判，追诉期限将不受限制。这意味着，即使公司已经停止经营5年，如果司法机关在此期间已经立案，公司仍有可能被追究责任。

3. 非法经营行为的严重性：

   • 非法经营行为的严重性也是决定是否会被追究的重要因素。如果非法经营行为情节严重，但法定最高刑在5年以下，且5年内未被发现，可能不再被追诉。但如果情节特别严重，法定最高刑在5年以上，那么即使已经停止经营5年，仍有可能被追究责任。

4. 实际案例与争议：

   • 在实际案例中，对于是否追究已经停止经营多年的公司的非法经营行为责任，往往存在争议。这取决于具体情节、法定最高刑以及司法机关是否已经立案等因素。

法律建议：

• 鉴于您公司已经停止经营5年，且未被发现非法行为，从法律追诉时效的角度来看，如果非法经营行为的法定最高刑在5年以下，那么通常不会再被追究。但为了确保万无一失，建议您咨询专业律师，对公司的具体情况进行详细评估。
• 如果公司过去存在非法经营行为，且法定最高刑在5年以上，或者司法机关已经立案但尚未结案，那么公司应做好应对准备，积极配合司法机关的调查。

总结： 公司停止经营5年后是否会被查，取决于多个因素，包括非法经营行为的法定最高刑、司法机关是否已经立案以及非法经营行为的严重性等。为了确保公司的合法权益，建议您及时咨询专业律师，对公司的具体情况进行详细评估，并采取相应的法律措施。如有任何法律问题，欢迎直接向我咨询。