企业降低公积金比例是否合法，需结合具体情况和相关政策法规来判断。

首先，根据《住房公积金管理条例》以及后续的相关通知，单位是可以在一定范围内自主确定住房公积金缴存比例的。具体来说，住房公积金缴存比例的下限通常为5%，而上限则由各地区按照《住房公积金管理条例》规定的程序来确定，但最高不得超过12%。这意味着，在这个5%至12%的区间内，企业是有权根据自身情况来调整公积金缴存比例的。

其次，如果企业因经营困难需要降低公积金缴存比例，这并非完全不可行，但需要遵循一定的程序。企业应当经过本单位职工代表大会或工会的讨论通过，并向住房公积金管理机构提出申请，同时提交相关的财务报表和纳税申报表等证明材料。住房公积金管理机构在收到申请后，会在规定的时限内（通常不超过10个工作日）进行审批。如果审批通过，企业就可以在降低后的比例下继续缴存公积金。但需要注意的是，这种降低比例的行为应当是暂时的，且在企业经济效益好转后，应当恢复原来的缴存比例或进行补缴。

此外，政策也在不断变化和调整中，以适应经济发展的需要和减轻企业的非税负担。例如，有通知就提出延长阶段性适当降低企业住房公积金缴存比例政策的期限，并鼓励各地区结合当地实际进一步降低企业住房公积金缴存比例。

综上所述，企业在符合相关政策法规和程序的前提下，是有权在一定范围内自主降低公积金缴存比例的。但这种行为应当是合法、合规且暂时的，且在企业经济效益好转后应当进行相应的调整或补缴。因此，在具体操作时，企业应当充分了解并遵守相关政策法规，确保自身的行为合法合规。