明知系利用医保骗保购买的药物而多次非法收购，认定犯罪数额时，应以非法收购、销售的金额为准。具体分析如下：

一. 犯罪数额的认定标准

• 根据最高人民法院、最高人民检察院《关于办理危害药品安全刑事案件适用法律若干问题的解释》第十三条规定：“明知系利用医保骗保购买的药品而非法收购、销售，金额五万元以上的，应当依照刑法第三百一十二条的规定，以掩饰、隐瞒犯罪所得罪定罪处罚。”
• 在此情况下，犯罪数额的认定是以非法收购、销售的金额作为标准，而非单次收购或销售的金额。

二. 实际案例说明

• 以案例中的石某、刘某、张某为例，他们明知系医保骗保药品，仍非法收购、销售。其中，石某向刘某、张某销售收购药品15万元左右，获利1万余元；刘某、张某向冉某销售收购药品金额分别为30余万元、40余万元，二人从中获利3万余元。
• 在此案例中，犯罪数额的认定就是基于他们非法收购、销售的金额，而非单次交易或收购的金额。

三. 法律后果

• 根据《中华人民共和国刑法》第三百一十二条的规定，明知是犯罪所得及其产生的收益而予以窝藏、转移、收购、代为销售或者以其他方法掩饰、隐瞒的，将面临相应的刑事处罚，包括有期徒刑、拘役、管制以及罚金等。
• 情节严重的，如犯罪数额巨大，将面临更严厉的刑事处罚。

综上所述，在明知系利用医保骗保购买的药物而多次非法收购的情况下，犯罪数额的认定应以非法收购、销售的金额为准。这一认定标准不仅符合相关司法解释的规定，也体现了对危害药品安全犯罪行为的严厉打击。如有进一步需要，您可以继续咨询我。