在建工程抵押的房屋是否可以办理合同网签备案，这个问题涉及到多个层面的制度和规定。以下是对此问题的详细解答：
一、制度依据
《房屋交易与产权管理工作导则》：
- 第五章中明确规定，房地产开发企业应将房地产开发项目建设过程中的抵押等主要事项记录在房地产开发项目手册中，并及时向房产管理部门备案。
- 该导则还提到，各地应结合本地实际，积极探索建立房屋抵押合同网签制度。这为在建工程抵押的房屋办理合同网签备案提供了制度上的支持和指导。
《关于规范购房融资和加强反洗钱工作的通知》：
- 第二项中的第六条强化了对抵押合同等备案的管理，要求银行业金融机构在办理房屋抵押贷款时，应以在房产管理部门备案的抵押合同作为放款依据之一。这间接说明了抵押合同备案的重要性，也暗示了网签备案制度的必要性。
《关于进一步规范和加强房屋网签备案工作的指导意见》：
- 第二项第五条明确指出，要推行房屋抵押合同网签备案制度。房屋抵押当事人应将房屋抵押合同通过网签备案系统进行备案，经网签备案的房屋抵押合同将作为金融机构发放贷款的依据之一。这为在建工程抵押的房屋办理合同网签备案提供了直接的制度依据。
二、实际操作
- 在实际操作中，是否能办理网签备案，通常还取决于开发商是否已办理预售许可证。只有办理了预售许可证的开发商，才能进一步办理入网手续，进而进行网签备案。
- 网签备案是一个网络化管理系统，旨在规范房地产企业的销售行为，防止一房多卖等欺诈行为。它并不具有备案的法律效力，但可以作为备案的管理手段。要实现备案的法律效力，还需到当地的房地产登记机构办理备案登记手续。
三、网签备案的影响
- 对于客户而言，网签备案可以带来多方面的积极影响，包括提高交易的透明度、缩短交易时间、保障交易资金的安全等。
- 同时，网签备案也有利于政府部门对房地产市场进行监控，掌握最真实的市场信息，为出台各项市场政策提供数据支持。
综上所述，在建工程抵押的房屋在符合相关制度和规定的前提下，是可以办理合同网签备案的。这既有利于保障交易双方的权益，也有利于规范房地产市场的秩序。