就业协议公司名称写分公司一般是可以的，但具体还需根据协议的具体内容和相关法律法规来判断。以下是对此问题的详细分析：

1. 协议内容的灵活性：

   • 就业协议是用人单位与劳动者之间就劳动关系及相关权利义务达成的书面约定。在协议中，公司名称的填写应准确反映用人单位的主体身份。
   • 如果用人单位是分公司，且分公司具有独立的用工权（即依法取得营业执照或登记证书，并具备与劳动者签订劳动合同的资格），则在就业协议中写分公司的名称是合法的。

2. 法律法规的约束：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规，用人单位与劳动者建立劳动关系，应当订立书面劳动合同，并明确用人单位的名称、住所和法定代表人或者主要负责人等基本信息。
   • 分公司作为用人单位的分支机构，如果符合上述条件，可以在就业协议中作为用人单位出现。

3. 实际操作的注意事项：

   • 在填写就业协议时，应确保分公司名称的准确性，避免与总公司或其他分公司混淆。
   • 如果分公司不具备独立的用工权，或者协议中涉及的总公司与分公司的权利义务关系不明确，建议在协议中同时注明总公司的名称和相关信息，以确保协议的合法性和有效性。
   • 此外，还需要注意协议中的其他条款，如工作内容、工作地点、劳动报酬、社会保险等，都应符合相关法律法规的规定，并保障劳动者的合法权益。

综上所述，就业协议公司名称写分公司是可以的，但前提是分公司具有独立的用工权，并且协议内容符合相关法律法规的规定。如果对此有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。