政府采购招标文件评分标准存在重复计分是不合法的。以下是对此问题的详细分析：

法律解释

在政府采购活动中，招标文件的编制应当遵循公平、公正、公开的原则，确保所有潜在供应商在平等的条件下参与竞争。评分标准作为招标文件的重要组成部分，其设置应当合理、科学，不得存在歧视性、排他性或者重复计分的情况。

案例分析

以葫芦岛市某考试软件升级改造项目为例，该项目预算金额为103万元，采购方式为公开招标。在招标过程中，有供应商对评分标准提出了投诉，指出部分技术参数在评分细则中既列在货物需求，又列在功能演示，进行重复加分。当地财政局对此进行了调查，并召开了投诉事项专家论证会。经过论证，认为投诉事项成立，并责令重新开展采购活动。

法律后果

根据《政府采购质疑和投诉办法》等相关法律法规的规定，如果政府采购招标文件评分标准存在重复计分的情况，可能会导致以下法律后果：

1. 投诉处理：供应商有权向采购人或者采购代理机构提出质疑，或者向同级政府采购监督管理部门提出投诉。相关部门应当依法进行处理，并作出相应的决定。
2. 重新采购：如果投诉事项成立，且可能影响采购结果，相关部门有权责令重新开展采购活动。这将导致采购人需要重新发布招标公告、重新组织开标评标等工作，增加了采购成本和时间成本。
3. 法律责任：如果采购人或者采购代理机构在编制招标文件时存在故意或者重大过失，导致评分标准存在重复计分等不合理情况，可能会承担相应的法律责任，包括但不限于行政处罚、赔偿损失等。

建议

为了避免政府采购招标文件评分标准存在重复计分等不合法情况，建议采购人在编制招标文件时应当注意以下几点：

1. 合理设置评分标准：评分标准应当合理、科学，不得存在歧视性、排他性或者重复计分的情况。每个评分项应当具有明确的评价标准和依据，确保评分结果的客观性和公正性。
2. 严格审查招标文件：在发布招标文件前，应当组织专业人员对招标文件进行严格审查，确保招标文件的合法性和合规性。特别是评分标准部分，应当逐项进行核查，避免出现重复计分等不合理情况。
3. 加强监管和自律：政府采购监督管理部门应当加强对采购人和采购代理机构的监管力度，定期开展监督检查和专项治理活动。同时，采购人和采购代理机构也应当加强自律管理，建立健全内部管理制度和操作流程，确保政府采购活动的合法性和合规性。

综上所述，政府采购招标文件评分标准存在重复计分是不合法的。采购人在编制招标文件时应当合理设置评分标准，严格审查招标文件，并加强监管和自律管理。如果供应商发现招标文件存在重复计分等不合理情况，应当及时提出质疑或者投诉，维护自身的合法权益。