房屋租赁合同中约定房租费包括1000元水电费，超过部分自理，这样的条款并不违法。具体分析如下：

在房屋租赁合同中，关于租金和费用的约定是双方协商的结果，只要双方意思表示真实，且不违反法律、行政法规的强制性规定，就是有效的。因此，房租费包括一定额度的水电费，并约定超过该额度由承租方自理，这样的条款在法律上是被允许的。

不过，需要注意的是，这样的约定应当明确、具体，避免产生歧义。例如，合同中应该明确1000元水电费是如何计算的，是否包含在整个租金中，以及超过部分如何自理等细节。如果合同中的约定不明确，可能会引发双方的争议。

此外，虽然这样的条款不违法，但在实际履行中，如果承租方认为水电费超出预期，可能会与出租方产生纠纷。因此，建议双方在签订合同时，充分协商并明确各项费用的承担方式，以减少后续的矛盾和纠纷。

总之，房屋租赁合同中关于房租费和水电费的约定，只要双方意思表示真实且不违反法律、行政法规的强制性规定，就是有效的。但为了确保合同的顺利履行，建议双方在签订合同时务必明确各项费用的承担方式和计算标准。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。