如果主管威胁员工但证据已经没有了，员工仍然可以采取一些措施来保护自己。以下是一些建议：

1. 保持冷静并记录细节：

   • 尽管没有直接证据，但员工应尽可能回忆威胁发生的具体场景、时间、地点、威胁者的言行举止等细节，并记录下来。
   • 这些细节可能在后续的调查或处理中起到关键作用。

2. 向相关机构报告：

   • 员工可以向公安机关报案，详细说明威胁的大致内容，让警方介入调查。
   • 警方有专业的调查手段和资源，可能能够发现一些未被察觉的证据线索。

3. 寻找证人：

   • 如果威胁发生时有其他人在场，员工可以尝试与这些人沟通，请求他们提供有关威胁情况的证言。
   • 证人证言可以作为间接证据来支持员工的陈述。

4. 保留相关线索：

   • 员工应保留可能与威胁相关的一切线索，如威胁者发送的短信、电子邮件等电子信息。
   • 即使这些内容不直接构成威胁证据，但可能从中获取有价值的线索，协助后续调查与证据收集。

5. 寻求法律援助：

   • 如果员工感到自己无法处理这种情况，可以寻求专业律师的帮助。
   • 律师可以提供法律建议，指导员工如何收集证据，如何向相关部门报案，以及如何维护自己的合法权益。

6. 持续关注并记录：

   • 在后续的生活中，员工应保持警惕，留意威胁方是否有进一步的异常举动。
   • 如有异常，应及时记录并提供给相关部门，以增加获取证据的可能性。

尽管没有直接证据可能使处理这种情况更加困难，但员工仍然可以通过上述措施来保护自己，并尽可能收集间接证据来支持自己的陈述。同时，保持冷静和理智也是非常重要的，避免与威胁者发生直接冲突，以免情况进一步恶化。如果你有任何进一步的法律问题或需要更具体的建议，可以直接向我咨询。