出租车在堵车时计费是合法的。这一做法既符合相关法规规定，如《巡游出租汽车经营服务管理规定》及各地的地方性法规，也体现了公平合理的原则。

具体来说，在我国的一些城市，出租车行业已经规定了出租车在堵车或低速行驶时的计费方式。例如，当出租车行驶速度低于每小时12公里时，计价器会开始按时间累计收费，通常采用每5分钟按1公里计费的方式。这种计时收费机制旨在合理补偿出租车司机因交通拥堵等非自身原因导致的运营成本增加。

从公平角度看，出租车司机在运营过程中面临堵车等情况时，同样消耗了时间和精力，车辆也在持续损耗能源。因此，收取堵车期间的费用对于司机而言是公平的，也有利于出租车行业的健康稳定发展。同时，乘客在堵车期间虽然未享受到快速行驶的服务，但仍然占用了出租车资源，支付一定费用也是合理的。

当然，出租车司机在堵车时的计费行为也必须遵守相关法律法规和计价规则，不得存在故意绕路导致堵车或不合理增加等待时间以增加收费等违规行为。如果乘客遇到司机以堵车为由随意加价、乱收费的情况，可以保留好相关证据，并向当地交通运输管理部门投诉，以维护自己的合法权益。

总之，出租车在堵车时计费是合法且合理的，既保障了驾驶员的经济权益，也确保了乘客在理解并接受合理费用的基础上享受出租车服务。如果乘客对出租车计费有任何疑问或争议，建议及时与司机沟通，并可以向当地交通运输管理部门咨询或投诉。