租车超出公里数的合法收费方式需以合同约定为基础，且不得违反法律法规的强制性规定。具体分析如下：

1. 合同约定优先
   根据《民法典》第四百七十条，租车合同中应明确约定超公里数的收费标准（如每公里单价）、计算方式（如按实际超公里数或分段计价）及支付时间。若合同已明确约定，双方需按约定履行，该条款通常有效。
   示例：合同约定“每日限行200公里，超公里按5元/公里收费”，则超出部分按此标准计算。

2. 收费标准的合理性
   即使合同有约定，收费标准仍需符合《消费者权益保护法》第十条的公平原则。若收费明显高于市场合理水平（如超出行业均价3倍以上），可能被认定为“显失公平”，消费者有权请求法院或仲裁机构变更或撤销该条款。
   建议：租车公司可参考行业惯例（如经济型车型超公里费通常为1-3元/公里）制定收费标准，并保留成本核算依据以备争议。

3. 未约定时的处理方式
   若合同未明确超公里收费标准，根据《民法典》第五百一十条，双方应协商补充；协商不成时，可参考以下原则：

   • 行业惯例：按同类型租车公司的普遍收费标准执行；
     
   • 实际损失：租车公司需证明超公里数导致的额外成本（如车辆折旧、维护费用增加），并据此主张合理补偿。
     注意：租车公司不得以“未约定”为由随意收费，否则可能构成违约。

4. 禁止性规定
   租车公司不得在合同中设置“霸王条款”，例如：

   • 免除自身责任（如“超公里导致车辆损坏，租车方承担全部责任”）；
     
   • 加重消费者责任（如“超公里费按双倍计算且不退还”）；
     
   • 排除消费者权利（如“超公里争议不得通过诉讼解决”）。
     此类条款可能因违反《消费者权益保护法》第二十六条而被认定无效。

操作建议：

• 对消费者：签约前仔细阅读合同条款，重点核对超公里收费标准；若发现不合理条款，可要求修改或选择其他租车公司。
  
• 对租车公司：制定透明、合理的收费规则，并在合同中明确告知消费者；保留收费依据（如行业报价、成本证明）以应对潜在纠纷。
  

如有具体合同条款或收费争议，可进一步提供细节，我将协助分析合法性及应对方案。