三班两倒的工作制度下，若劳动者的工作时间超出法定标准工作时间，则存在加班费。加班费的计算需根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，按照不同情形下的加班时间，支付相应的工资报酬。
一、加班工资的具体规定与计算
延长工作时间的加班：
- 若劳动者在三班两倒的工作中，每日工作时间超过8小时或每周工作时间超过40小时，超出部分属于延长工作时间。
- 计算公式为：延长工作时间加班费 = 小时工资 × 1.5 × 延长工作小时数。其中，小时工资 = 月工资收入 ÷（月计薪天数 × 8小时），月计薪天数一般按21.75天计算。
休息日加班：
- 如果劳动者在休息日（如周六、周日）进行三班两倒的工作，且用人单位不能安排补休，则需支付加班费。
- 计算公式为：休息日加班费 = 小时工资 × 2 × 休息日工作小时数。
法定节假日加班：
- 当劳动者在法定节假日（如元旦、春节等）进行三班两倒的工作时，用人单位应支付加班费。
- 计算公式为：法定节假日加班费 = 小时工资 × 3 × 法定节假日工作小时数。
二、实际应用中的注意事项
- 为确保加班费的准确计算，用人单位应严格记录员工的出勤情况，包括具体的工作时间、班次等。
- 劳动合同中如有关于加班费的特别约定，需确保这些约定符合当地的法律法规。
- 如有争议或疑问，劳动者和用人单位均可寻求专业律师的法律帮助。
综上所述，三班两倒的工作制度下，加班费的支付取决于劳动者的实际工作时间是否超出法定标准工作时间。对于超出部分，用人单位应按照上述规定支付相应的加班费。具体数额需根据劳动者的月工资收入、加班时间等因素进行计算。