承包经营违规的处理主体通常是行政机关，具体由负责该领域监管的部门依据相关法律法规进行查处。以下是对此问题的详细分析：

一. 承包经营违规的认定原则

1. 依法认定原则：根据《行政处罚法》第三条，公民、法人或者其他组织违反行政管理秩序的行为，应当给予行政处罚的，由法律、法规或者规章规定，并由行政机关依照本法规定的程序实施。在承包经营中，违法主体通常为实施了违法行为的公民、法人或其他组织。由于经营主体存在多样性，无论内部以何种方式经营，对外以谁的名义经营，谁就是违法主体。

2. 行为认定原则：谁实施了相应违法行为，就将谁作为违法主体。该原则强调从实质分析出发，从违法行为的直接实施主体着眼，查处幕后违法主体。

二. 承包经营违规的处理主体

1. 行政机关的监管职责：在承包经营领域，行政机关负责监管和查处违规行为。例如，在建筑工程领域，住房和城乡建设部对全国建筑工程施工发包与承包违法行为的认定查处工作实施统一监督管理，县级以上地方人民政府住房和城乡建设主管部门在其职责范围内具体负责本行政区域内建筑工程施工发包与承包违法行为的认定查处工作。

2. 具体处理部门的确定：根据违规行为的性质和领域，由相应的行政机关进行处理。例如，在食品安全领域，食品监管部门负责查处学校食堂等集中用餐单位的违规行为；在环境保护领域，环保部门负责查处企业的环境违法行为。

三. 承包经营违规的处罚措施

根据违规行为的性质和情节，行政机关可以采取多种处罚措施，包括但不限于：

• 责令改正：要求违法主体立即停止违规行为，并采取措施消除影响。
• 警告：对违法主体进行口头或书面警告，提醒其遵守法律法规。
• 罚款：对违法主体处以一定数额的罚款，以惩戒其违法行为。
• 没收违法所得：对违法主体通过违规行为获得的利益进行没收。
• 责令停业整顿：对严重违规的承包经营主体，责令其停业整顿，直至符合法律法规要求。
• 吊销资质证书：对严重违规且无法整改的承包经营主体，吊销其相关资质证书，禁止其从事相关经营活动。

四. 案例分析

以昆明长丰学校食堂违规提供变质肉为例，食品监管部门第一时间进行调查并作出处理：

• 处理主体：食品监管部门作为负责食品安全监管的行政机关，对昆明长丰学校的违规行为进行了查处。
• 处罚措施：依据《中华人民共和国食品安全法》有关条款，对学校未按规定履行食品安全管理责任的行为责令改正并给予警告；对学校经营不合格食品的行为处以10万元处罚。

我的观点：承包经营违规的处理主体是行政机关，具体由负责该领域监管的部门依据相关法律法规进行查处。在承包经营过程中，各经营主体应严格遵守法律法规，确保经营活动的合法性和规范性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。