公司制度离职扣除全部绩效是否合法，需视具体情况而定。

1. 若公司规章制度合法且明确规定了离职扣绩效的情形：

   • 如果公司的规章制度中明确规定了离职时可以扣除全部绩效的情形，并且这一规定不违反法律法规的强制性规定，同时该规章制度已经向劳动者公示或告知，那么这种做法通常是合法的。

2. 若公司规章制度不合法或未明确规定离职扣绩效：

   • 如果公司没有相关的规章制度，或者规章制度不合理、不明确，或者在离职时随意扣除全部绩效，那么这种行为就可能构成违法。在这种情况下，劳动者有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自身的合法权益。

法律依据：

• 根据《工资支付暂行规定》第九条，劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。
• 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。同时，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬等直接涉及劳动者切身利益的规章制度时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，并与工会或者职工代表平等协商确定。

法律建议：

• 对于劳动者而言，在离职前应仔细查阅公司的规章制度，了解自己的权益和义务。
• 如果认为公司扣除全部绩效的行为不合法，可以与公司进行沟通协商，要求公司给出合理的解释和依据。
• 如果沟通无果，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

行动指南：

• 收集证据：包括劳动合同、工资条、公司规章制度等，以备后续维权之需。
• 及时咨询：如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会提供专业的法律解答和建议。