做130万工程并约定以一套200万的房子作为支付方式，这一行为是否合法，取决于具体的合同约定和法律法规。以下是对此问题的详细分析：

1. 合同自由原则：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人有权在平等、自愿的基础上，通过协商一致订立合同，并约定合同的内容。因此，从合同自由的角度来看，双方约定以房子作为工程款的支付方式，并不违反法律法规的强制性规定。

2. 等价有偿原则：

   • 然而，合同双方在约定支付方式时，应当遵循等价有偿的原则。在本题中，工程价值为130万，而约定的房子价值为200万。如果双方同意并认可这种价值差异，且没有损害国家、集体或第三人的利益，那么这种约定是合法的。但如果存在显失公平或欺诈等情形，则可能引发合同的效力问题。

3. 税费和过户问题：

   • 以房子作为支付方式，还涉及到税费缴纳和房产过户等问题。双方应当确保按照相关法律法规的规定，履行相应的税费缴纳和过户手续。否则，可能会因违反税收法规或房产管理规定而面临法律责任。

4. 实际履行情况：

   • 最后，双方还应当考虑实际履行情况。如果房子存在抵押、查封等权利限制，或者无法按时交付、过户等，都可能影响合同的履行和双方的权益。因此，在约定以房子作为支付方式时，双方应当充分了解房子的实际情况，并明确约定相关的履行条款。

综上所述，做130万工程并约定以一套200万的房子作为支付方式，在遵循合同自由、等价有偿、税费缴纳和过户规定以及实际履行情况的前提下，是合法的。但双方应当谨慎约定，并确保合同的合法性和有效性。如有任何疑问或争议，建议及时咨询专业律师进行解答和处理。