结论：欠工程款300多万以顶200多万房的方式处理，其合法性并非绝对，而是取决于多种因素，包括双方协商情况、房屋产权状况、是否存在显失公平或违法情形等。以下从不同角度进行详细分析：

一、双方协商与合同自由原则

1. 协商一致：如果双方（即欠款方和债权方）能够就以房抵债的方式达成一致，并且这种协议不违反法律法规的强制性规定，不损害国家、集体或第三人的利益，那么这种协议在法律上是有效的。这体现了合同自由原则，即双方有权根据自己的意愿订立合同。

2. 合同内容：合同中应明确约定抵债房屋的具体信息（如位置、面积、产权状况等）、抵债金额、双方的权利义务等。合同内容应具体、明确，以避免后续产生纠纷。

二、房屋产权状况

1. 产权清晰：抵债房屋必须产权清晰，无争议。如果房屋存在产权纠纷或被查封、抵押等情况，那么以该房屋抵债可能会面临法律风险。

2. 过户手续：双方应按照法律规定办理房屋过户手续，确保债权方能够合法取得房屋所有权。过户手续的完成是房屋所有权转移的关键。

三、显失公平与违法情形

1. 显失公平：如果以房抵债的协议存在显失公平的情况，如房屋价值远低于欠款金额，且债权方未对此表示异议或接受该不公平条件，那么该协议可能因显失公平而被撤销或变更。

2. 违法情形：如果以房抵债的协议违反了法律法规的强制性规定，如涉及非法集资、洗钱等违法活动，那么该协议将无效，且双方可能面临法律责任。

四、法律建议

1. 谨慎协商：在协商以房抵债时，双方应充分了解房屋产权状况、市场价值等信息，确保协议内容公平、合理。

2. 签订书面合同：双方应签订书面合同，明确约定抵债房屋的具体信息、抵债金额、双方的权利义务等，以避免后续产生纠纷。

3. 办理过户手续：在协议达成后，双方应及时办理房屋过户手续，确保债权方能够合法取得房屋所有权。

4. 咨询专业律师：在涉及大额财产处置时，建议咨询专业律师，以确保协议的合法性和有效性，并降低法律风险。

后续行动建议：如果您正面临此类问题，建议先与对方进行充分沟通，明确双方意愿和房屋产权状况。在协商过程中，务必保持谨慎态度，确保协议内容公平、合理。如有需要，可直接向我咨询相关法律问题，我将根据您的具体情况提供专业建议。