开发商超建被没收违法收入时，通常会扣除建设成本。不过，具体扣除情况需根据相关法律法规和具体案件事实来判断。以下是对此问题的详细分析：

1. 法律法规依据：

   • 根据相关法律法规，对于开发商超建等违法行为，政府有权进行处罚，包括没收违法收入。
   • 在没收违法收入时，通常会考虑扣除合理的建设成本，以避免对开发商造成过度的经济负担。

2. 建设成本扣除的合理性：

   • 建设成本是开发商在开发过程中实际投入的资金，包括土地费用、建筑材料费用、施工费用等。
   • 这些成本是开发商进行项目开发所必需的，且通常与违法行为无直接关联。
   • 因此，在没收违法收入时扣除建设成本，有助于体现法律的公平性和合理性。

3. 具体扣除情况：

   • 具体扣除哪些建设成本，以及扣除的比例和方式，通常需要根据相关法律法规和具体案件事实来确定。
   • 相关部门在进行处罚时，会进行详细的调查和评估，以确保扣除的建设成本合理且符合法律法规要求。

4. 法律建议：

   • 对于开发商而言，应严格遵守相关法律法规，避免超建等违法行为的发生。
   • 如已面临处罚，应积极配合相关部门的调查和处理工作，并咨询专业律师以了解具体的法律后果和应对措施。

综上所述，开发商超建被没收违法收入时，通常会扣除建设成本。但具体扣除情况需根据相关法律法规和具体案件事实来判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。