对于非法改装的车申请车损鉴定的问题，首先需要明确的是，非法改装车辆本身是不合法的，且存在安全隐患。因此，在进行车损鉴定之前，应首先解决车辆的非法改装问题。
非法改装车辆的管理部门：
非法改装车辆由多个部门共同管理，包括公安机关交通管理部门、交通运输管理部门、市场监督管理部门以及车管所。这些部门各自承担着不同的监管职责，共同确保道路交通的安全与秩序。
关于车损鉴定的申请：
恢复车辆原状：在申请车损鉴定之前，建议车主首先恢复车辆的原状，以符合国家标准和规定。这包括拆除所有非法改装的部件，恢复车辆原有的结构、构造和特征。
选择鉴定机构：车主可以选择具有资质的车损鉴定机构进行鉴定。这些机构通常具有专业的技术人员和设备，能够准确评估车辆的损失情况。
提交申请：在向鉴定机构提交申请时，车主需要提供车辆的行驶证、登记证书等相关证件，以及车辆的照片和事故报告（如果适用）等材料。同时，车主应明确说明车辆曾经存在非法改装的情况，并已经恢复为原状。
鉴定过程：鉴定机构将对车辆进行详细的检查、测量和评估，以确定车辆的损失程度和修复费用。车主应配合鉴定机构的工作，提供必要的协助和信息。
法律建议：
遵守法律法规：车主应严格遵守国家关于机动车改装的法律法规，不得擅自改变车辆的结构、构造或特征。否则，将面临法律责任和处罚。
及时恢复原状：对于已经存在非法改装的车辆，车主应尽快恢复原状，以确保车辆的安全性和合法性。
选择正规鉴定机构：在进行车损鉴定时，车主应选择具有资质和信誉的正规鉴定机构，以确保鉴定结果的准确性和公正性。
综上所述，非法改装的车在申请车损鉴定之前，应首先恢复车辆的原状，并选择具有资质的鉴定机构进行鉴定。同时，车主应遵守相关法律法规，确保车辆的安全性和合法性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。