车辆非法改装的认定机构主要涉及多个部门，共同确保道路交通的安全与秩序。具体来说：
公安机关交通管理部门：是主要负责路面执法的部门，交警在日常巡逻和检查中，有权对非法改装车辆进行查处。他们重点关注车辆外观、声响等明显的非法改装迹象，一旦发现非法改装车辆上路行驶，可以依法扣留车辆，责令恢复原状，并根据情节轻重处以罚款。
交通运输管理部门：对于从事道路运输经营的车辆，若存在非法改装行为（如超限超载运输、私自改装内部结构等），该部门有权依据相关法规进行处罚，以保障道路运输市场的安全和秩序。
市场监督管理部门：主要负责从源头治理非法改装行为，监管生产、销售非法改装车辆及相关零部件的企业或商家。一旦发现违法行为，可以依法查处，责令整改、没收非法产品和违法所得，并处罚款。
车管所：负责机动车的登记工作，包括变更登记等。对于需要改变使用性质、车身颜色、车身或车架等的机动车，车主应向车管所申请变更登记。车管所与公安机关交通管理部门共同管理非法改装车辆，确保车辆符合国家标准和规定。
综上所述，车辆非法改装的认定机构包括公安机关交通管理部门、交通运输管理部门、市场监督管理部门以及车管所。这些部门各司其职，共同打击非法改装车辆行为，确保道路交通的安全与秩序。如果您对车辆改装有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。