公司用员工护照办理跨境运营岗位备案是违法的。下面我将从法律角度详细解释这一结论：

1. 护照的法律性质：

   • 护照是公民出入国境和在国外证明国籍和身份的证件，任何组织或个人不得非法扣押或擅自使用他人的护照。

2. 公司行为的违法性：

   • 公司未经员工同意，擅自使用其护照办理跨境运营岗位备案，侵犯了员工的个人权益，违反了护照管理的相关法律法规。
   • 这种行为可能构成对员工个人信息的非法使用，甚至可能触犯刑法中的侵犯公民个人信息罪。

3. 员工的法律权益：

   • 员工有权拒绝公司非法使用其护照，并可以向相关部门投诉或寻求法律援助。
   • 如果因此造成员工损失，员工有权要求公司承担赔偿责任。

4. 建议与措施：

   • 员工应与公司明确沟通，表达对此类行为的反对，并要求公司立即停止。
   • 如果公司不听劝阻，员工可以向当地劳动监察部门或公安机关报案，维护自己的合法权益。

综上所述，公司用员工护照办理跨境运营岗位备案是违法的，员工应积极维护自己的合法权益。如果你还有其他法律问题或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。