危险化学品运输公司不可以和员工签订合作协议来代替劳动合同。下面我从几个角度来解释这个问题：

1. 法律规定：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者建立劳动关系，应当签订劳动合同。劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。
   • 危险化学品运输公司作为用人单位，与员工之间建立的是劳动关系，因此应当签订劳动合同，而不是合作协议。

2. 合同性质与目的：

   • 合作协议通常用于描述两个或多个平等主体之间的合作关系，其目的在于共同实现某个目标或项目，而并非用于规范劳动关系。
   • 劳动合同则专门用于规范用人单位与劳动者之间的劳动关系，包括工作内容、工作时间、劳动报酬、社会保险等各个方面。

3. 风险与责任：

   • 如果危险化学品运输公司与员工签订合作协议而非劳动合同，可能会面临法律风险。因为合作协议可能无法充分保障劳动者的合法权益，如工资、社保、工伤赔偿等。
   • 在发生劳动争议时，合作协议可能无法作为有效的法律依据来维护劳动者的权益，也可能导致用人单位承担不必要的法律责任。

4. 实践建议：

   • 危险化学品运输公司应当与员工签订正规的劳动合同，明确双方的权利和义务，确保劳动关系的合法性和稳定性。
   • 如果公司需要与外部合作伙伴建立合作关系，可以签订合作协议或相关合作文件，但与员工之间的劳动关系应当通过劳动合同来规范。

综上所述，危险化学品运输公司不可以和员工签订合作协议来代替劳动合同。如果有关于劳动合同或劳动关系的具体问题，可以直接向我咨询。