公司跟员工签合作伙伴协议确实存在一定风险，这些风险主要取决于协议的具体内容以及双方的实际履行情况。以下从几个方面详细分析：

一、协议的法律效力

1. 主体适格：双方需具有相应的民事行为能力，即公司作为法人实体，员工作为自然人，均需具备签订合同的法律资格。
2. 意思表示真实：协议的签订需基于双方的真实意愿，不存在欺诈、胁迫等情形。若存在这些情形，协议可能被撤销或认定无效。
3. 内容合法：协议内容需符合法律法规的强制性规定，不损害国家利益、社会公共利益或他人合法权益。例如，协议约定的合作事项需合法，不得涉及非法活动。

二、协议可能被认定为劳动合同的风险

• 实质条件不符：如果名为合作协议，但实际员工并不具备合作的实质条件，如未真正承担合作风险、未参与利润分配等，而只是被设定为获取固定报酬，这种情况下，协议可能会被认定为劳动合同关系。
• 法律后果：一旦被认定为劳动合同关系，公司将面临按照劳动法律法规支付工资、缴纳社会保险等义务。若未履行这些义务，可能面临劳动监察部门的处罚或员工的劳动仲裁申请。

三、协议履行中的风险

1. 权利义务不明确：若协议中未明确双方的权利义务、合作事项、利润分配等关键条款，可能导致双方在履行过程中产生争议。
2. 亏损承担：合作协议中应明确亏损的承担方式。若未明确，一旦合作项目出现亏损，双方可能就亏损的承担产生分歧。

四、建议与措施

1. 明确协议性质：在签订协议前，双方应明确协议的性质是合作协议还是劳动合同，以避免后续的法律风险。
2. 完善协议条款：协议应明确合作事项、双方权利义务、利润分配、亏损承担等关键条款，确保协议内容合法、明确、具体。
3. 采用书面形式：协议应采用书面形式，由双方签字或盖章确认，并留存好相关凭证，以便在发生纠纷时作为证据使用。
4. 咨询专业律师：在签订协议前，建议咨询专业律师，以确保协议的合法性和有效性，降低法律风险。

举例说明：假设一家公司与员工签订了一份名为“合作伙伴协议”的文件，但协议中约定员工每月获取固定工资，不参与公司利润分配，也不承担公司经营风险。这种情况下，该协议很可能被认定为劳动合同关系，而非合作协议。一旦发生纠纷，公司可能面临按照劳动法律法规支付工资、缴纳社会保险等义务。

总结来看，公司跟员工签合作伙伴协议存在一定风险，这些风险主要取决于协议的具体内容以及双方的实际履行情况。因此，在签订协议前，双方应充分了解协议的性质和法律后果，并咨询专业律师以确保协议的合法性和有效性。若您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。