公司与员工签订的安全协议是否合法，需根据协议的具体内容、签订目的及是否违反法律法规的强制性规定等多方面因素综合判断。以下从几个关键角度进行分析：

1. 协议内容合法性：

   • 安全协议若旨在明确双方在安全生产中的权利与义务，如员工需遵守的安全操作规程、公司需提供的安全培训与防护措施等，且内容不违反《安全生产法》、《劳动合同法》等相关法律法规的强制性规定，则该协议通常是合法的。
   • 若协议中包含免除公司法定责任、排除员工合法权利（如工伤赔偿、休息休假等）的条款，则这些条款可能因违反法律强制性规定而被认定为无效。

2. 签订目的与程序：

   • 协议的签订应基于双方自愿、平等、协商一致的原则，不得存在欺诈、胁迫等情形。若公司利用优势地位强迫员工签订不公平的安全协议，员工有权拒绝并可向相关部门投诉。
   • 协议签订前，公司应确保员工充分理解协议内容，特别是涉及员工权益的条款，必要时应提供法律解释或咨询。

3. 与劳动合同的关系：

   • 安全协议通常作为劳动合同的附件或补充协议存在，其内容应与劳动合同相协调，不得与劳动合同中的条款相冲突。若安全协议与劳动合同存在矛盾，应以劳动合同为准，除非劳动合同中明确约定以附件或补充协议为准。

4. 实际履行情况：

   • 协议的合法性不仅取决于其书面内容，还取决于双方的实际履行情况。若公司未按照协议约定提供安全培训、防护措施等，或员工未遵守安全操作规程导致事故发生，双方均可能承担相应的法律责任。

建议：

• 对于公司而言，在签订安全协议前，应仔细审查协议内容，确保不违反法律法规的强制性规定，并充分尊重员工的合法权益。同时，应加强安全培训与教育，提高员工的安全意识与操作技能。
• 对于员工而言，在签订安全协议前，应认真阅读协议内容，特别是涉及自身权益的条款。如有疑问或不明之处，应及时向公司或法律专业人士咨询。若认为协议内容不公平或违法，有权拒绝签订并可向相关部门投诉。

若您对安全协议的合法性存在疑问或遇到相关纠纷，可直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律意见。