员工签订的合作协议是否合法，需视具体情况而定。以下从不同角度为您详细分析：

一、合作协议合法的条件

1. 内容合法：合作协议的内容必须符合法律法规的要求，不得违反法律、行政法规的强制性规定。例如，协议中不能包含非法剥削劳动者权益、规避法律责任等条款。

2. 双方真实意愿：合作协议必须是双方真实意愿的体现，不存在欺诈、胁迫或者重大误解等会让协议无效的法定情况。双方应在平等、自愿、公平的基础上达成一致。

3. 形式合法：有些类型的合作协议可能需要采用特定的形式，如书面形式等，以确保协议的效力。如果法律对合作协议的形式有明确要求，那么未按照要求形式签订的协议可能会影响其效力。

二、合作协议与劳动合同的区别

1. 法律关系：劳动合同确立的是劳动关系，劳动者要受用人单位管理，用人单位还得承担像缴纳社保这类法定责任。而合作协议主要体现的是平等主体之间的合作关系，双方权利义务大多按协议约定来。

2. 权益保障：签订劳动合同的员工享有劳动法规定的诸如最低工资、加班工资、社保等保障。而签订合作协议的员工则不享有这些保障，其权益主要依据合作协议的约定来保障。

3. 纠纷解决：劳动合同纠纷通常按照劳动法律法规的规定来处理，如通过劳动仲裁或诉讼等方式解决。而合作协议纠纷则通常按照民事合同纠纷的处理程序来解决，如通过协商、仲裁或诉讼等方式解决。

三、合作协议可能被认定为劳动合同的情形

如果一份协议名义上是合作协议，但实际上有着劳动合同的特征，比如一方受另一方管理、劳动报酬是固定的等，那么该协议就可能被认定为劳动关系。此时，双方的权利义务将按照劳动法律法规来执行，用人单位需要承担缴纳社保等法定责任，劳动者的工作时间、休息休假等权益也将受到劳动法的保障。

四、法律建议

1. 明确协议性质：在签订合作协议前，双方应明确协议的性质，避免将本应属于劳动合同的内容纳入合作协议，以规避企业应承担的责任。

2. 完善协议条款：合作协议应明确界定双方的权利和义务，包括工作内容、报酬支付方式、工作时间、保密条款等重要事项，以避免模糊不清或存在歧义。

3. 遵守法律法规：在签订和履行合作协议过程中，双方应遵守相关法律法规的规定，不得违反法律关于劳动合同的强制性规定。

4. 考虑纠纷解决机制：在签订协议前，双方应充分沟通，明确各自的期望和责任，并考虑可能出现的纠纷解决机制，以减少潜在的法律纠纷。

举例说明：假设某公司与一名员工签订了合作协议，但协议中约定了员工需遵守公司的规章制度、接受公司的管理，并固定领取劳动报酬。这种情况下，该协议很可能被认定为劳动关系，而非合作协议。因此，公司在签订此类协议时应谨慎考虑，避免产生不必要的法律风险。

如果您在签订或履行合作协议过程中遇到任何法律问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。