在原告起诉被告支付货款，而被告主张双方不存在合同关系的情况下，管辖法院的确定主要依据以下几点：

1. 若无法证明合同关系：

   • 可向被告住所地法院起诉。
   • 被告为公民的，向其户籍所在地法院起诉。
   • 被告为法人或其他组织的，向其主要办事机构所在地法院起诉。

2. 若能证明合同关系：

   • 可向原告所在地法院起诉，因为起诉要求支付货款时，原告作为接收货币一方，所在地可视为合同履行地。

法律依据：

• 《中华人民共和国民事诉讼法》第二十四条规定：“因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。”

举例：

• 假设小许（原告）向小李（被告，公民）供应货物，双方未签订书面合同。小许依约交付货物后，小李未支付货款。若小许无法证明合同关系，他应向小李的户籍所在地法院起诉。若能证明合同关系，小许也可以向自己所在地的法院起诉。

建议：

• 在起诉前，尽可能收集送货单、收货单、结算单、发票等能证明交易关系的证据，以便法院综合证据判断是否受理以及确定管辖。
• 若对管辖法院仍有疑问或不确定，可咨询专业律师（如本人）以获取更准确的法律意见。

综上所述，管辖法院的确定需根据是否能证明合同关系来决定，若能证明，则原告所在地和被告住所地法院均有管辖权；若不能证明，则主要向被告住所地法院起诉。