父亲作为军人去世后，国家补助的六个月工资立遗嘱只给儿子不给女儿，这样的遗嘱是合法的。但是，这里需要明确几个关键点，以帮助您更全面地理解这个问题。

1. 遗嘱的合法性：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，遗嘱人可以按照自己的意愿，通过遗嘱的方式处分自己的个人合法财产。因此，父亲有权在遗嘱中指定由儿子继承这部分国家补助的工资。

2. 遗嘱的效力：

   • 遗嘱必须满足法定的形式要件和实质要件才能生效。形式要件通常包括遗嘱人亲自书写、签名、注明年月日等（对于自书遗嘱而言）。实质要件则要求遗嘱人具有立遗嘱的能力，遗嘱内容真实、合法，且遗嘱中处分的财产属于遗嘱人的个人合法财产。
   • 在本例中，如果父亲立遗嘱时具备完全民事行为能力，且遗嘱内容真实、合法，那么这份遗嘱就是有效的。

3. 女儿的权益：

   • 虽然父亲在遗嘱中指定了由儿子继承这部分财产，但女儿仍然享有继承父亲其他遗产的权利（除非父亲在遗嘱中明确剥夺了她的继承权，且该剥夺行为合法有效）。
   • 如果女儿认为遗嘱存在无效或可撤销的情形，她可以通过法律途径来维护自己的权益。

4. 特殊情况：

   • 如果父亲在立遗嘱时存在受欺诈、胁迫等情形，或者遗嘱内容违反法律、行政法规的强制性规定，那么这份遗嘱可能会被认定为无效或部分无效。
   • 此外，如果女儿属于缺乏劳动能力又没有生活来源的继承人，且遗嘱中没有对她做出适当的安排，那么她可能享有必要的遗产份额。

综上所述，父亲作为军人去世后，国家补助的六个月工资立遗嘱只给儿子不给女儿，这样的遗嘱在符合法定条件的情况下是合法的。但女儿仍然享有继承父亲其他遗产的权利，并且如果遗嘱存在无效或可撤销的情形，她可以通过法律途径来维护自己的权益。如果您有进一步的法律问题或需要更详细的解释，请直接向我咨询。