面对有转账记录但小三不承认关系的情况，我们可以从以下几个方面来综合分析和处理：

明确结论

首先，转账记录是证明资金流转的关键证据，但仅凭转账记录可能无法直接证明双方的关系性质。因此，需要综合其他证据来形成完整的证据链，以便在必要时通过法律途径维护自身权益。

收集全面证据

1. 转账记录：确保转账记录清晰、准确，并能证明资金流转至小三账户。同时，尝试说明转账与赠与或不当得利的关联性。
2. 聊天记录与通话录音：搜集双方涉及金钱往来的所有沟通记录，包括文字聊天、电话录音或视频通话等，以揭示转账的背景、目的及双方关系性质。
3. 共同消费记录与购买礼物凭证：若存在共同消费或购买礼物的相关凭证，如发票、收据或购物记录等，应一并收集作为辅助证据。
4. 证人证言：寻找知晓转账情况的第三方证人，如朋友、家人或同事等，获取其证言以进一步证实转账的真实性和双方关系的特殊性。
5. 其他证据：如亲密照片、视频资料等，也能作为证明双方关系的辅助证据。

梳理并明确转账性质

• 仔细分析转账的性质，判断是借款、正常业务往来还是基于不正当男女关系的赠与。
• 若能证明转账是基于婚外情等不正当关系的赠与，这种赠与行为可能因违背公序良俗而在法律上被认定无效，从而有权要求小三返还款项。

采取法律途径

1. 协商：在掌握充分证据的基础上，首先尝试与小三进行友好协商，要求其返还不当得利或承认关系。
2. 发送律师函：如协商无果，可通过律师发送正式律师函，表明已掌握关键证据，要求对方返还款项或承认关系。律师函具有法律威慑力，有时能促使对方承认并归还。
3. 提起诉讼：若上述措施均无效，且涉及金额较大或情感纠纷严重，可向法院提起不当得利之诉或确认赠与行为无效之诉。在诉讼过程中，需清晰陈述案件事实，提交完整的证据链，以便法院作出公正判决。

注意事项

• 诉讼时效：注意民事纠纷的诉讼时效问题，一般为三年，从知道或应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。及时采取行动以避免超过时效期限。
• 合法合规：在收集证据和采取法律措施时，务必确保方法和手段的合法性，不得侵犯他人的合法权益。
• 情感考量：在处理此类问题时，除了法律手段外，还需考虑情感因素。尽量保持冷静和理智，避免情绪化的行为对自己和家庭造成更大的伤害。

综上所述，通过全面收集证据、明确转账性质，并采取合法有效的法律途径，可以最大程度地维护自身的财产权益和情感利益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。