针对工程专业分包未履行批准手续且已经完工的情况，发包方有多种处理方式，以下是我根据相关法律法规和实务经验给出的详细分析：

1. 视为合同有效，但需承担行政责任：

   • 虽然工程专业分包未履行批准手续，但如果工程已经完工并交付使用，根据相关法律法规，此情况可能被视为合同已经实际履行。发包方在此情况下，虽然可以视为合同有效，但仍可能因未履行批准手续而面临行政处罚，如罚款等。

2. 与承包方协商解决：

   • 发包方可以与承包方进行友好协商，就未履行批准手续的事宜达成补救协议。例如，承包方可以承诺补办相关手续，或者双方可以就因此产生的额外费用进行协商分担。

3. 请求法院确认合同效力：

   • 如果发包方对合同的效力存在疑虑，可以向人民法院提起诉讼，请求确认合同的效力。法院将根据相关法律法规和案件事实，对合同的效力作出判决。

4. 追究承包方违约责任：

   • 如果因承包方未履行批准手续导致工程存在质量问题或者其他损失，发包方可以依法追究承包方的违约责任，要求其承担因此产生的损失。

5. 配合相关部门的调查和处理：

   • 在未履行批准手续的情况下，相关部门可能会对此进行调查和处理。发包方应积极配合相关部门的调查，提供必要的资料和信息，并接受相应的处理结果。

综上所述，工程专业分包未履行批准手续且已经完工的情况下，发包方应根据具体情况选择合适的处理方式。如果对此类问题存在疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。