针对已施工完工的违规分包，处理方式需结合违规性质、合同效力及实际损失综合判断，具体处理路径如下：

1. 确认违规分包的法律性质

根据《建筑法》第29条及《招标投标法》第48条，违规分包通常指：

• 主体资质违规：分包单位不具备相应资质；
  
• 超越范围分包：将主体结构工程分包给非总包单位；
  
• 未经同意转包：未取得发包人书面同意擅自分包；
  
• 再分包：分包单位将工程再次分包。
  

关键点：若分包行为违反上述强制性规定，分包合同可能被认定为无效（《民法典》第153条）。

2. 分包合同无效后的处理原则

若分包合同被确认无效，处理需分两步：

• 工程验收合格：根据《建设工程司法解释（一）》第24条，分包人仍有权参照合同约定主张工程价款，但需扣除因违规分包导致的质量缺陷修复费用；
  
• 工程验收不合格：分包人需承担修复费用，若修复后仍不合格，发包人可拒付工程款，并要求分包人赔偿损失（如工期延误违约金、第三方索赔等）。
  

示例：若分包单位因资质不足导致防水工程漏水，发包人可要求分包人承担返工费用，并从应付工程款中扣除。

3. 责任主体与追责路径

• 总包单位责任：若总包单位明知或应知分包违规仍实施，需与分包单位承担连带责任（《建筑法》第67条）；
  
• 发包人责任：若发包人直接指定分包单位且未审查资质，可能因“选任过失”承担部分责任（《民法典》第1193条）；
  
• 行政处罚：违规分包可能面临住建部门罚款（合同价款0.5%-1%）、停业整顿、降低资质等级等处罚（《建筑法》第67条）。
  

关键证据：需保留分包合同、施工记录、验收报告、资质文件等，以证明违规事实及损失金额。

4. 实务建议

• 协商优先：若工程已完工且质量合格，建议通过补充协议明确价款支付方式，避免诉讼成本；
  
• 质量保修：即使合同无效，分包人仍需按《建设工程质量管理条例》承担保修责任；
  
• 风险隔离：总包单位应立即终止违规分包行为，并重新委托合格单位完成剩余工程，防止损失扩大。
  

提示：具体处理需结合合同条款、地方性法规及实际履行情况，建议提供详细资料进一步分析。