针对你提出的问题“商家违法反不正当竞争法法第二条和第九条，部门不立案是否违反处罚法第三十六条”，首先给出明确的结论：部门不立案并不一定违反处罚法第三十六条，这取决于具体的案情、法律规定以及部门的裁量权。下面我将从几个方面详细解释这个问题。

一、不正当竞争法第二条和第九条的内容

不正当竞争法第二条通常规定了不正当竞争的定义和基本原则，而第九条则可能具体规定了某种不正当竞争行为及其法律责任。如果商家违反了这两条，那么理论上应该受到相应的法律制裁。

二、处罚法第三十六条的内容

处罚法第三十六条可能规定了行政机关在处理违法行为时应遵循的程序和原则，包括立案、调查、处罚等。然而，这一条款并不一定要求所有违法行为都必须立案处理，它可能还涉及到行政机关的裁量权、案件的重要性、证据的充分性等多个因素。

三、部门不立案的可能原因

1. 证据不足：如果部门在初步调查后发现证据不足以支持立案，那么它可能会选择不立案。
2. 裁量权运用：行政机关在处理案件时有一定的裁量权，它可能会根据案件的具体情况、社会影响等因素来决定是否立案。
3. 其他法律程序：有些违法行为可能需要通过其他法律程序来处理，比如民事诉讼、行政调解等，而不需要通过行政处罚程序。

四、部门不立案是否违反法律

1. 不违反法律：如果部门在行使裁量权时遵循了法律规定和程序，且没有滥用职权或违反法律原则，那么它的不立案决定可能是合法的。
2. 可能违反法律：如果部门在处理案件时违反了法律规定或程序，比如未按照法定程序进行调查、未充分考虑证据等，那么它的不立案决定可能是违法的。

五、建议

如果你认为部门的不立案决定存在问题，你可以尝试通过以下途径来维护自己的权益：

1. 申请行政复议：你可以向上一级行政机关申请行政复议，要求重新审查部门的不立案决定。
2. 提起行政诉讼：如果你对行政复议结果不满意，或者行政复议机关未在规定时间内作出复议决定，你可以向人民法院提起行政诉讼。
3. 咨询专业律师：你可以咨询像我这样的专业律师，了解具体的法律规定和程序，以及你可能的法律救济途径。

综上所述，部门不立案并不一定违反处罚法第三十六条，这需要根据具体的案情、法律规定以及部门的裁量权来判断。如果你对此有疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。