在建设工程施工合同中，如果合同专用条款中的保修期与附件质量保修书中的保修期不一致，我们首先需要明确的是，这两者都是合同的重要组成部分，但它们在合同中的地位和作用可能有所不同。一般来说，合同专用条款是针对特定项目或特定情况而设定的，具有更高的针对性和特定性；而附件质量保修书则通常是对工程质量保修的通用规定。

1. 以合同专用条款为准：在大多数情况下，如果合同专用条款与附件质量保修书存在冲突，我们会倾向于以合同专用条款为准。因为合同专用条款是双方针对该项目特定情况协商一致的产物，更能体现双方的真实意愿和项目的特殊要求。

2. 考虑法定标准：然而，还需要注意的是，建筑工程的质保期有法定标准。如果合同约定的保修期低于法定标准，那么该约定将无效，应以法定标准为准。这是为了保障工程质量和使用者的权益。相反，如果合同约定的保修期高于法定标准，那么按合同执行，双方在合同中达成的高于法定的约定具有法律效力。

3. 协商解决：在实际操作中，如果遇到这类问题，最好的方式还是双方协商解决。双方可以依据项目的实际情况、合同的具体条款以及法律法规的规定，共同协商确定一个合理的保修期。

综上所述，建设工程施工合同中合同专用条款保修期与附件质量保修书不符合时，我们应以合同专用条款为准，但同时也要考虑法定标准的要求，并尽可能通过协商的方式解决争议。如果你在这方面有具体的法律问题或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。