在法院执行协议中，如果两被告只有一人签字，通常情况下该协议对未签字的一方是无效的。下面我将从法律角度详细解释这一结论：

1. 合同相对性原则：

   • 协议本质上是双方就某一事项达成的一致约定，需要双方当事人签字或盖章才生效，这体现了合同的相对性原则。
   • 仅一方签字的协议，在法律上不能视为双方达成了合意，因此不能对未签字的一方产生法律约束力。

2. 特殊情况下的有效性：

   • 当然，如果存在其他法律规定或双方在协议中有特殊约定，情况可能会有所不同。
   • 例如，在某些特殊情形下，一方签字后，另一方通过实际履行协议的行为表示认可，也可能使协议生效。但这种情况较为罕见，且需要具体案件具体分析。

3. 法律风险与纠纷：

   • 总体而言，仅签一人的协议存在较大法律风险，可能会引发后续的纠纷和争议。
   • 如果协议涉及重要事项或较大利益，建议务必确保双方当事人均签字或盖章，以避免潜在的法律风险。

综上所述，法院执行协议中两被告只有一人签字的情况下，该协议通常对未签字的一方是无效的。为确保协议的有效性和避免潜在纠纷，建议务必确保双方当事人均签字或盖章。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。