首先，我们需要明确一点：乙方公司未与挂靠人签订协议，并不直接决定甲方公司是否可以出庭作证。出庭作证主要依赖于证人是否符合法定条件，以及能否提供与案件相关且对查明案件事实有帮助的证言。
接下来，我们从几个角度来分析这个问题：
证人资格：
- 一般来说，任何了解案件情况、能够正确表达、并且与案件没有利害关系（或者虽有利害关系但不影响证言真实性）的人，都有资格作为证人。
- 甲方公司如果了解乙方公司与挂靠人之间的相关情况，并且这些情况对案件有证明作用，那么甲方公司（或其代表）在理论上是有资格出庭作证的。
证言的相关性：
- 甲方公司出庭作证的前提是其提供的证言必须与案件相关，且有助于查明案件事实。
- 如果甲方公司的证言只是关于乙方公司与挂靠人之间未签订协议这一事实，而这个事实并不是案件的关键点或者争议焦点，那么甲方公司的证言可能不会被法庭采纳。
法律程序与规定：
- 出庭作证需要遵循一定的法律程序，包括但不限于提前通知、庭前准备、出庭陈述等。
- 甲方公司在决定出庭作证前，应当了解并遵守这些程序规定。
潜在的风险与考量：
- 甲方公司出庭作证可能会暴露其自身的商业信息或秘密，因此需要权衡利弊。
- 同时，甲方公司也需要考虑其证言可能对乙方公司或挂靠人产生的法律后果。
综上所述，甲方公司是否可以出庭作证，并不直接取决于乙方公司是否与挂靠人签订了协议。而是取决于甲方公司是否符合证人资格、其证言是否具有相关性、是否遵循了法律程序以及是否考虑了潜在的风险与考量。如果甲方公司满足上述条件，并且其证言对案件有证明作用，那么它是可以出庭作证的。但请注意，在出庭作证前，最好咨询专业律师（如我）以获取更具体的法律建议和指导。