在干工程没有挂靠协议的情况下，甲方出具的证明是否有效，需分情况讨论：
证明内容与实际法律关系相符：
- 若甲方出具的证明能够真实、准确地反映双方之间的实际法律关系，例如证明双方存在事实上的挂靠关系（尽管没有书面协议），且该证明内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么该证明在法律上通常是有效的。它可以在一定程度上作为认定双方权利义务关系的依据。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事法律行为可以基于双方的意思表示一致成立，也可以基于事实行为成立。在缺乏书面协议的情况下，事实行为（如实际履行挂靠行为）以及能够证明该事实行为的证据（如甲方出具的证明）均可以作为认定法律关系的依据。
证明内容与实际法律关系不符或存在瑕疵：
- 若甲方出具的证明内容与实际法律关系不符，或者存在瑕疵（如证明内容模糊、存在歧义、缺乏关键信息等），那么该证明的有效性可能会受到质疑。在诉讼或仲裁过程中，法院或仲裁机构可能会结合其他证据（如工程实际履行情况、资金往来记录、双方沟通记录等）来综合判断双方之间的法律关系。
- 风险提示：如果甲方出具的证明内容不真实或存在误导性，可能会构成虚假陈述或欺诈行为，从而承担相应的法律责任。同时，对于挂靠方而言，缺乏书面协议也可能导致其在维权时面临举证困难的问题。
法律后果与建议：
- 法律后果：在没有挂靠协议的情况下，仅凭甲方出具的证明可能难以全面、准确地认定双方之间的权利义务关系。一旦发生纠纷，双方可能需要通过诉讼或仲裁等方式来解决争议，这可能会增加解决纠纷的成本和时间。
- 建议：为了避免潜在的法律风险，建议双方在从事工程挂靠等合作时，务必签订书面协议，明确双方的权利义务关系。如果确实没有签订书面协议，也应尽量收集其他能够证明双方实际法律关系的证据（如工程合同、资金往来记录、双方沟通记录等），以备不时之需。
总结与进一步思考：
- 在干工程没有挂靠协议的情况下，甲方出具的证明的有效性取决于其内容是否真实、准确且能够反映双方之间的实际法律关系。
- 为了避免潜在的法律风险，建议双方在合作时签订书面协议，并妥善保存相关证据。
- 如果您在工程挂靠等合作过程中遇到法律问题或纠纷，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律建议。