是的，追讨两年内加班费，主要由公司承担举证责任。下面我为你详细解释：

法律依据与解释

根据《工资支付暂行规定》，用人单位需保存至少两年的工资支付记录。因此，在追讨两年内加班费的情况下，若劳动者主张加班费未支付，用人单位需提供已支付加班费的证据，如工资条、银行流水等。若用人单位无法提供这些证据，则可能被推定未支付加班费，从而承担不利后果。

举证责任分配

1. 劳动者初步举证：

   • 劳动者需证明存在加班事实，如提供考勤记录、工作邮件、同事证言等。
   • 这些证据能够初步证明劳动者在特定时间进行了加班工作。

2. 用人单位的举证义务：

   • 用人单位需提供已支付加班费的证据，以反驳劳动者的主张。
   • 若用人单位未能提供有效反驳证据，则可能承担举证不能的责任。

实务建议

1. 对于劳动者：

   • 及时保存加班证据，如拍照、备份电子记录等。
   • 定期与用人单位确认加班情况，如通过邮件确认、签字文件等方式。

2. 对于用人单位：

   • 规范考勤和工资记录管理，确保至少保存两年。
   • 通过加班审批制度明确加班流程，避免争议。

综上所述，追讨两年内加班费时，主要由公司承担举证责任。若公司无法提供已支付加班费的证据，则可能面临支付加班费的责任。如果你有任何进一步的问题或需要具体的法律帮助，请直接向我咨询。