如果员工违反公司制度，但公司没有进行相关告知，那么公司不能仅凭此制度对员工进行处罚。这是因为，根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位制定的涉及劳动者切身利益的规章制度，应当经过民主程序制定，并且以公示或者送达的方式告知员工。如果规章制度未经公示或告知，那么该规章制度对员工不具备法律效力。
具体来说，公司可以通过以下几种方式确保规章制度的公示或告知：
在劳动合同中确认：这是实践中最为常见的制度告知方式。在劳动合同中明确员工已经阅读并知晓公司的规章制度，是确保员工了解制度的有效途径。但需要注意的是，制度的名称一定要准确，避免产生不必要的纠纷。
入职登记表中明确：在员工入职时，可以在入职登记表中明确一些常见的制度，并要求员工签字确认。这样既可以作为员工已经知晓制度的证据，也可以方便公司后续的管理。
公告栏中公示：对于大型的劳动密集型企业而言，此种方式非常有效且节约工作成本。公司可以在公告栏中公示规章制度，并请公证员对此进行公证，或者通过多个角度拍照来证明公示的事实。
培训与学习：组织员工对规章制度进行培训和学习，并在培训和学习签到表中确认制度已经培训的事实。这种方式可以确保员工对制度有深入的了解，并且可以通过签到表来证明员工已经参与了培训和学习。
通过电子方式送达：如电子邮件、微信等电子方式也是有效的送达方式。但需要注意的是，这些方式在举证时可能需要进行公证，或者结合其他证据来证明其真实性。
如果公司未按照上述方式公示或告知规章制度，而员工确实违反了这些制度，那么公司在对员工进行处罚时可能会面临法律风险。因此，建议公司在制定和执行规章制度时，务必确保制度的合法性、合理性和有效性，并严格按照法律规定进行公示或告知。
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