关于军龄认定工龄是否会查案底的问题，首先我们要明确一点：军龄与工龄的认定主要依据的是相关政策和法规，而并非直接与个人案底挂钩。

军龄能否计算入工龄，主要取决于退伍军人所在单位的性质以及退伍军人的安置方式。如果退伍军人是由政府安置到接收单位工作的，那么其军龄通常会被计算为接收单位的连续工龄。这一点在《中华人民共和国兵役法》、中共中央、国务院、中央军委《军队转业干部安置暂行办法》以及国务院、中央军委《关于退伍义务兵安置工作随用人单位改革实行劳动合同制度的意见》等文件中都有明确规定。

对于自主择业的退伍军人来说，如果他们选择自主就业并找到了工作，那么其军龄在计算工龄时可能会有所不同。具体来说，如果退伍军人所在的单位并非政府安置的接收单位，而是其自主选择的，那么其军龄通常不会被直接计算为该单位的工龄。这是因为，在这种情况下，退伍军人的军龄与其在该单位的工作年限是两个独立的概念，需要分别计算。

至于查案底的问题，通常这与个人的犯罪记录或不良行为记录有关。而在军龄与工龄的认定过程中，主要依据的是退伍军人的服役记录和安置情况，与个人的案底没有直接关系。因此，在正常的军龄与工龄认定流程中，一般不会涉及对退伍军人案底的查询。

综上所述，军龄认定工龄主要依据的是相关政策和法规，与个人的案底没有直接关系。在认定过程中，主要关注的是退伍军人的服役记录和安置情况。因此，您不必担心因为个人案底问题而影响军龄与工龄的认定。