在合伙开店并涉及合同期内二次店面升级及撤股结算的问题上，我们需要综合考虑合伙协议、升级投资、撤股时间等多个因素来确定结算方式。以下是我为您详细梳理的结算步骤和建议：

1. 查阅合伙协议：

   • 首先，应仔细查阅合伙协议中关于店面升级、撤股及结算的相关条款。合伙协议是合伙人之间的法律基础，明确了各方的权利、义务及争议解决方式。
   • 如果协议中有明确规定店面升级后的投资分摊、撤股条件及结算方法，则应按照协议执行。

2. 评估升级投资：

   • 对于二次店面升级的投资，需要明确升级的具体项目、费用及各方投入的比例。
   • 如果升级投资是由部分合伙人额外投入的，应计算这部分投资在撤股时的价值，并考虑是否应作为撤股结算的一部分。

3. 确定撤股时间：

   • 撤股的具体时间对于结算至关重要。应明确撤股是在店面升级前、升级过程中还是升级后完成的。
   • 撤股时间的不同将直接影响结算金额的计算，因为升级后的店面价值可能有所变化。

4. 协商结算方式：

   • 在确定了上述因素后，合伙人之间应协商具体的结算方式。
   • 如果协议中没有明确规定，可以考虑按照升级后的店面价值、各方投入的比例及撤股时间等因素来合理分配结算金额。
   • 也可以考虑聘请专业的评估机构对店面及升级投资进行评估，以作为结算的依据。

5. 处理争议：

   • 如果在结算过程中产生争议，应首先尝试通过友好协商解决。
   • 如果协商不成，可以依据合伙协议中的争议解决条款，通过仲裁或诉讼等方式来解决争议。

综上所述，合伙开店在合同期内进行二次店面升级撤股后的结算是一个复杂的问题，需要综合考虑多个因素。建议您在结算前仔细查阅合伙协议，评估升级投资，确定撤股时间，并与合伙人协商具体的结算方式。如果在结算过程中遇到任何问题或争议，欢迎随时向我咨询，我将竭诚为您提供专业的法律帮助。