针对您提出的“民事纠纷中原告申请司法鉴定，收到鉴定书后发现鉴定书中明确对鉴定意见有异议”的问题，以下是我的详细解答：

核心结论：当事人对司法鉴定意见有异议的，应当在人民法院指定期间内以书面方式向办案机关提出，由办案机关决定是否采信鉴定意见。司法行政部门无权对司法鉴定意见的是与非作出判断。

具体分析：

1. 异议提出的方式与期限：

   • 根据《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第三十七条，当事人对鉴定书的内容有异议的，应当在人民法院指定期间内以书面方式提出。这是确保诉讼程序顺利进行和当事人权益得到保障的重要规定。

2. 异议的处理：

   • 当事人提出异议后，人民法院应当要求鉴定人作出解释、说明或者补充。这是为了查明事实，确保鉴定意见的准确性和公正性。
   • 人民法院认为有必要的，还可以要求鉴定人对当事人未提出异议的内容进行解释、说明或者补充，以全面审查鉴定意见。

3. 司法行政部门的角色：

   • 司法行政部门不负责对鉴定意见的审查。当事人向司法行政机关投诉要求撤销鉴定意见的，司法行政机关在经审查后未发现鉴定机构存在违法违规行为的，会告知当事人对鉴定机构不作处理，并建议其对鉴定意见的异议向办案机关提出。

4. 实际案例：

   • 以王某对A鉴定机构出具的伤情鉴定意见书不服为例，王某向B司法局投诉，但B司法局经审查后未发现A鉴定机构存在违法违规行为，遂告知王某对鉴定机构不作处理，并告知其异议应当向办案机关提出。王某不服提起诉讼，但法院最终判决驳回其诉讼请求，确认司法行政部门无权对司法鉴定意见的是与非作出判断。

法律建议：

• 在收到鉴定书后，务必仔细审查鉴定意见，如有异议，应及时在人民法院指定期间内以书面方式提出。
• 异议应具体、明确，并附上相关证据或理由，以便办案机关和鉴定人进行审查。
• 如对办案机关的处理结果不服，可以依法提起上诉或申请再审，以维护自己的合法权益。

希望以上解答能对您有所帮助。如有其他法律问题，欢迎随时向我咨询。