在民事诉讼中，如果您对司法鉴定意见书中的部分事项存在异议，您可以按照以下步骤来处理：

一、明确异议内容

首先，您需要明确自己对鉴定意见中的哪些部分存在异议。这可能包括对鉴定意见的结论、鉴定方法、鉴定程序、鉴定依据的科学性等方面的不同看法。

二、向人民法院提出异议

在明确异议内容后，您应及时向受理案件的人民法院提出书面异议，详细阐述您对鉴定意见的具体异议点及理由。这是启动后续程序的关键步骤。

三、等待人民法院通知鉴定人出庭

根据相关法律规定，在当事人对鉴定意见有异议的情况下，经人民法院依法通知，鉴定人应当出庭作证。这意味着，一旦您提出了异议，人民法院会通知鉴定人出庭，以便在法庭上对其鉴定意见进行解释和说明。

四、参与法庭质证

在鉴定人出庭后，您将有机会在法庭上对鉴定意见进行质证。这包括向鉴定人提问、要求其解释鉴定意见的科学依据、鉴定步骤、鉴定方法以及可靠程度等。通过质证，您可以更深入地了解鉴定意见的形成过程，从而评估其可信度。

五、等待人民法院裁决

在完成质证后，人民法院将根据双方的陈述和证据，对鉴定意见的可信度进行评估。如果人民法院认为鉴定意见存在错误或不可信，它可能会决定不采纳该鉴定意见，或者要求重新进行鉴定。如果人民法院采纳了鉴定意见，您也需要尊重并接受这一裁决。

六、了解重新鉴定的可能性

如果经过法庭质证，鉴定人不能说服法官确信其鉴定意见的正确性，或者您能提供充分的证据表明鉴定意见存在错误，人民法院有权决定重新进行鉴定。重新鉴定将为您提供一个再次挑战原鉴定意见的机会。

七、寻求专业法律帮助

在整个过程中，如果您感到困惑或不确定如何操作，建议您寻求专业法律帮助。律师可以为您提供法律咨询、代理诉讼等服务，帮助您更好地维护自己的合法权益。

总之，在民事诉讼中对司法鉴定意见书中的部分事项有异议时，您应积极向人民法院提出异议，并参与后续的质证程序。通过合法途径表达自己的诉求和观点，是维护自己合法权益的重要方式。