针对你提出的“实习协议和三方协议盖了两个章但老板是同一个人，总公司和分店的关系是否可以”的问题，我给出以下分析：

结论：在总公司和分店的关系中，实习协议和三方协议上分别盖有两个章，但老板是同一个人，这种情况在法律上通常是可以的，但具体还需考虑协议内容、公司架构及法律规定。

分析说明：

1. 公司架构与盖章行为：

   • 总公司和分店通常属于同一法人实体或存在控股关系，它们在业务上可能相对独立，但在法律上可能视为一体或存在紧密关联。
   • 盖章行为代表公司的意志，如果总公司和分店在协议上分别盖章，且老板作为共同负责人或实际控制人对此表示认可，那么这种盖章行为在法律上通常是有效的。

2. 协议内容的关键性：

   • 实习协议和三方协议的具体内容至关重要。协议中应明确实习生的权益、义务、工作内容、薪酬待遇、违约责任等关键条款。
   • 只要协议内容合法、公平，且双方（包括实习生和总公司/分店）均表示认可，那么无论盖的是哪个公司的章，协议都是有效的。

3. 法律规定的考量：

   • 根据《劳动合同法》等相关法律法规，用人单位与劳动者建立劳动关系时，应当签订书面劳动合同。虽然实习协议和三方协议不完全等同于劳动合同，但同样应遵循合法、公平、自愿的原则。
   • 如果总公司和分店在签订协议时存在欺诈、胁迫等违法行为，或者协议内容违反法律法规的强制性规定，那么该协议将被视为无效。

4. 实际操作的建议：

   • 在签订实习协议和三方协议时，建议明确总公司和分店的关系，以及各自在协议中的权利和义务。
   • 如果可能的话，可以请专业律师对协议进行审查，以确保其合法性和有效性。

综上所述，实习协议和三方协议上分别盖有两个章，但老板是同一个人，在总公司和分店的关系中通常是可以的。但为了确保协议的合法性和有效性，建议明确协议内容、公司架构及法律规定，并在必要时寻求专业律师的帮助。