劳务公司中员工和农民工的工资做账并不完全一样，具体原因如下：

1. 身份与合同性质：

   • 员工通常与劳务公司签订正式的劳动合同，属于公司的正式职员，享有公司提供的各项福利待遇，如社保、公积金等。
   • 农民工可能以临时工、劳务派遣或劳务合同的形式与劳务公司合作，其合同性质、工作内容、工作时间等可能与正式员工有所不同，因此工资核算和发放方式也可能存在差异。

2. 工资核算标准：

   • 员工的工资通常按照公司规定的薪酬体系进行核算，包括基本工资、绩效奖金、加班费、补贴等各项内容，且需遵循国家相关的劳动法律法规。
   • 农民工的工资可能根据具体的劳务合同或协议来约定，核算标准可能更加灵活，如按日、按小时或按项目计酬，且可能不包含某些正式员工享有的福利待遇。

3. 税务处理：

   • 员工的工资在发放前需进行个人所得税的扣缴，公司也需为员工缴纳社保和公积金等费用，这些都会反映在公司的账务和税务处理中。
   • 农民工的工资税务处理可能因其身份和合同性质的不同而有所差异，如某些情况下可能享受税收优惠或减免政策。

4. 账务处理流程：

   • 员工的工资通常通过公司的财务系统进行统一核算和发放，流程相对规范且固定。
   • 农民工的工资发放可能更加灵活，可能通过现金、银行转账或第三方支付平台等方式进行，且账务处理流程可能因项目或合同的不同而有所调整。

综上所述，劳务公司中员工和农民工的工资做账存在差异，主要体现在身份与合同性质、工资核算标准、税务处理以及账务处理流程等方面。如有具体疑问或需要进一步的法律支持，请直接向我咨询。