针对您提出的“业主种小菜园是否违法以及如何处理”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，在小区公共绿地或未经允许的地方种植农作物（如小菜园）通常是违法的。这主要基于以下几点原因：

1. 产权归属：根据相关法律法规，小区公共绿地通常属于全体业主共有，而非单个业主私有。因此，任何业主未经全体业主同意或未经相关部门批准，擅自占用公共绿地进行种植活动，都是侵犯了其他业主的权益。

2. 法规约束：以《上海市绿化条例》为例，其中明确规定建成的绿地不得擅自占用，占用的城市绿化用地应当限期归还。这表明，擅自改变绿地用途，如将绿地改为菜园，是违反法律法规的行为。

3. 社区管理：小区物业或居委会作为社区管理者，有责任维护小区的公共秩序和绿化环境。他们通常会根据相关法律法规和小区规定，对擅自占用绿地种植农作物的行为进行管理和制止。

那么，如何处理这种情况呢？

1. 自行整改：如果业主已经擅自种植了农作物，那么在收到物业或相关部门的通知后，应尽快自行处理掉种植的农作物，恢复绿地的原状。

2. 法律途径：如果业主拒绝自行整改，物业或相关部门有权采取法律手段进行强制清理。这通常包括向法院提起诉讼或申请强制执行等。

3. 加强监管：为了防止类似问题再次发生，物业或居委会可以加强日常巡查和监管力度，及时发现并制止擅自占用绿地的行为。同时，也可以鼓励居民积极参与监督，共同维护小区的绿化环境。

综上所述，业主在未经允许的情况下擅自种植小菜园是违法的，应当尽快进行整改。同时，物业和相关部门也应加强监管力度，确保小区的绿化环境得到妥善保护。