在自家院子种菜是否违法，主要取决于院子的土地使用权以及是否损害其他业主的权益。
土地使用权问题：
- 根据《中华人民共和国民法典》第二百七十四条，建筑区划内的绿地，属于业主共有，但属于城镇公共绿地或者明示属于个人的除外。因此，如果院子的土地使用权并未明确属于业主个人，而是属于公共绿地，那么业主在院子里种菜就可能侵犯了其他业主的权益。
- 对于独栋别墅，业主可能拥有院子的土地使用权。但即便如此，也需要合理利用，不能损害其他业主的权益。
是否损害其他业主权益：
- 如果业主在种菜过程中浇粪施肥，影响到其他业主的相邻权利，如产生异味、污染等，那么这种行为就可能构成违法。
- 另外，如果业主公约中明确约定了不得在院子种菜，那么业主就需要遵守公约，否则也可能构成违约。
综上所述，业主在自家院子种菜是否违法，需要综合考虑院子的土地使用权以及是否损害其他业主的权益。如果院子的土地使用权属于业主个人，并且业主在种菜过程中没有损害其他业主的权益，那么这种行为通常是不违法的。但如果院子的土地使用权属于公共绿地，或者业主在种菜过程中损害了其他业主的权益，那么这种行为就可能构成违法。因此，建议业主在种菜前，先了解清楚院子的土地使用权情况，并遵守相关的法律法规和业主公约。