关于“在公司上班的员工被告非法经营，公司是否赔偿损失”的问题，我们可以从以下几个角度进行分析：

1. 若员工不知情且无过错：

   • 员工若并未参与公司的非法经营活动，且对公司的非法经营行为并不知情，那么员工通常不需要承担任何法律责任。
   • 在这种情况下，如果公司因非法经营被取缔或吊销执照，导致劳动合同无法履行，公司应按员工在本单位的工作年限，每满一年支付一个月工资的标准向员工支付经济补偿。

2. 若员工参与非法经营且存在故意或重大过失：

   • 如果员工明知公司存在非法经营行为，并且积极参与或在其中起到主要作用，那么员工可能会与公司共同承担法律责任。
   • 在这种情况下，公司不仅无需向员工支付赔偿，还有权要求员工承担因其行为给公司造成的损失。
   • 严重的，员工还可能面临刑事处罚。

3. 若员工未因公司非法经营导致权益受损：

   • 如果员工的权益并未因公司的非法经营行为受到直接损害，如正常工作且未出现劳动合同解除等情况，那么通常不存在赔偿问题。

综上所述，公司在非法经营情况下是否需要对员工进行赔偿，主要取决于员工在非法经营活动中的状态和参与度。如果员工不知情且无过错，公司应支付经济补偿；如果员工参与非法经营且存在故意或重大过失，公司无需赔偿且可要求员工担责；如果员工未因公司非法经营导致权益受损，则通常无赔偿问题。

因此，在处理此类问题时，建议员工首先明确自己在公司非法经营活动中的角色和参与度，以便更好地维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。