合同约定窝工损失由乙方负责，这一条款的合法性并不是绝对的，而是需要根据具体情况来判断。
首先，从合同自由原则出发，合同双方有权在平等、自愿的基础上协商并约定合同条款。因此，如果窝工损失由乙方负责的条款是双方在充分协商、理解并接受的基础上达成的，那么这一条款在形式上通常是合法的。
然而，合同的合法性并不仅仅取决于形式上的自愿和协商，还需要考虑其内容是否违反法律、行政法规的强制性规定，以及是否显失公平或存在其他无效情形。具体来说：
若甲方存在过错：如果项目停工是由于甲方的原因（如未及时支付工程进度款、提供的设计图纸有误等）导致的，而合同中却约定窝工损失由乙方负责，那么这一条款可能因显失公平而被认定为无效。因为在这种情况下，乙方并没有过错，却要承担因甲方过错导致的损失，这显然是不公平的。
若乙方迫于压力签订：如果乙方是在迫于经济压力或甲方的不当压力下，才同意签订窝工损失由自己负责的条款，那么这一条款的合法性也是值得质疑的。因为乙方的同意可能并非其真实意思表示，而是被迫作出的。
法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同双方应当遵循公平原则确定各方的权利和义务。如果合同条款违反公平原则，或者存在其他无效情形（如违反法律、行政法规的强制性规定），那么该条款将被认定为无效。
综上所述，合同约定窝工损失由乙方负责是否合法，需要根据具体情况来判断。如果这一条款是双方在平等、自愿的基础上达成的，且没有违反法律、行政法规的强制性规定，也没有显失公平或存在其他无效情形，那么这一条款通常是合法的。但如果存在上述情况之一，那么这一条款的合法性就值得商榷了。因此，在签订合同时，双方应当充分协商、理解并接受合同条款的内容，以确保合同的合法性和有效性。如果遇到相关问题，建议及时咨询专业律师以获取更准确的法律意见。