针对承包方员工职务侵占的问题，您可以采取以下步骤来处理：

一、初步确认与证据搜集

首先，您需要初步确认员工是否存在职务侵占的行为。这通常涉及对员工的职责、工作内容以及相关的财务账目、交易记录等进行仔细审查。一旦发现异常，应立即着手搜集相关证据，这些证据应能清晰地证明员工的侵占行为以及具体的金额等状况。证据可以包括但不限于财务报表、交易凭证、监控录像、电子邮件等。

二、向公安机关报案

在搜集到足够证据后，您应及时向当地的公安机关报案。报案时，需详细陈述员工的侵占行为，并提交您所搜集到的所有证据。公安机关将会依法对案件进行立案侦查，对涉案人员进行传唤、询问，并进一步收集证据。

三、法律程序与追责

如果公安机关调查后认为构成职务侵占罪，将会依法对员工追究刑事责任。根据《刑法》的相关规定，公司、企业或其他单位的人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的，将面临五年以下有期徒刑或拘役的处罚；数额巨大的，则可能面临五年以上有期徒刑，并可能被并处没收财产。

四、内部处理与预防措施

在等待法律程序进行的同时，您也可以通过公司内部程序对员工进行处理，如解除劳动合同等，以维护公司的合法权益。此外，为了防止类似事件再次发生，您还应加强公司的内部控制和监管机制，定期对员工进行法律和职业道德培训，提高员工的法律意识和职业素养。

五、注意事项

在整个处理过程中，务必确保所有证据和相关文件的真实性和完整性。同时，与公安机关和法律机构保持密切沟通，及时了解案件进展，并积极配合他们的调查工作。

综上所述，处理承包方员工职务侵占的问题需要您采取一系列的措施，包括证据搜集、向公安机关报案、配合法律程序、内部处理以及加强预防措施等。希望这些建议能对您有所帮助。