当两轮电动车与自行车发生碰撞时，为确保双方权益得到妥善处理，应遵循以下步骤进行：

一、确保现场安全与初步处理

1. 立即停车：碰撞发生后，双方应立即停止行驶，确保现场安全，避免造成二次事故或交通堵塞。

2. 查看伤情与救助：检查双方人员是否受伤。若有人员受伤，应立即拨打120急救电话，并进行必要的急救措施，如止血、包扎等。同时，也要确保自己的人身安全。

3. 保护现场：尽量保持事故现场的原始状态，不要随意移动车辆或相关物品。使用手机等设备拍摄现场照片或录像，包括事故全貌、车辆碰撞位置、刹车痕迹、道路标识等，作为后续责任认定和处理的重要依据。

二、报警及通知相关方

1. 报警：拨打交通事故报警电话（如122），向交警部门报告事故发生的时间、地点、车辆情况和伤者情况等，等待交警到达现场进行勘查和处理。

2. 通知保险公司：如果电动车或自行车购买了相关保险（如交强险、意外险等），应及时联系保险公司，向其报案并说明事故情况。按照保险公司的要求提供相关材料，以便后续理赔。

三、责任认定与协商

1. 交警认定：交警到达现场后，会进行现场勘查、询问当事人和证人等工作，综合现场证据、双方陈述以及交通法规的规定，出具交通事故责任认定书，划分双方的责任比例。

2. 协商处理：若双方对事故责任无争议，且均未受伤或伤情轻微，可以自行协商赔偿事宜。根据双方过错程度划分责任，如一方存在闯红灯、逆行等明显过错行为，将承担主要责任。协商结果应形成书面记录，双方签字确认。

四、赔偿事宜

1. 确定损失：根据责任认定书确定的责任比例，双方应明确事故造成的损失，包括人身伤害的医疗费、误工费、护理费、营养费等；车辆损坏的维修费用、车辆重置费用等；以及其他财产损失。

2. 协商赔偿：双方可以自行协商赔偿事宜，按照责任比例分担损失。协商过程中应保持理性和客观，依据实际损失和责任划分进行合理赔偿。如能达成一致意见，可以签订赔偿协议，并按照协议内容进行赔偿。

3. 保险理赔：涉及保险理赔时，应按照保险公司的要求提供相关证明材料，如事故责任认定书、医疗费用清单、车辆维修发票等。保险公司会根据保险合同的约定进行赔付。

五、法律途径

1. 调解：如果双方就赔偿问题无法协商一致，可以请求交警部门进行调解。交警部门会依据相关法律法规和事故责任认定书进行调解，帮助双方达成赔偿协议。

2. 提起诉讼：若调解仍不能达成协议，任何一方都可以向有管辖权的人民法院提起民事诉讼，通过法律途径解决赔偿纠纷。在处理过程中，应注意收集和保留相关证据，以有力地维护自己的权益。

综上所述，当两轮电动车与自行车发生碰撞时，双方应保持冷静，按照法定程序进行处理。通过及时报警、保护现场、协商赔偿等步骤，可以有效维护自身的合法权益。同时，购买相关保险也能在一定程度上减轻经济负担和风险。