农村自建房的小包工头手写签订的合同，即使没有盖章，只按了指印也是具有法律效力的。下面我来详细解释一下：

根据《民法典》的相关规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。这意味着，签名、盖章和按指印都是合同成立的有效方式。在签名、盖章或者按指印之前，如果当事人一方已经履行了主要义务，并且对方接受了这一履行，那么该合同同样成立。

对于你提到的农村自建房小包工头手写签订的合同，虽然没有盖章，但只要双方当事人都按了指印，并且这一行为是双方真实意思的表示，同时合同内容也不违反法律法规的强制性规定，不损害国家、集体和他人的合法权益，那么这份合同就是有效的。

此外，手印作为个人身份的一种识别方式，具有与签字同等的法律效力。因为指纹具有唯一性和稳定性，所以按指印也是一种可靠的合同成立方式。

综上所述，农村自建房的小包工头手写签订的合同，即使没有盖章，只按了指印也是具有法律效力的。当然，如果合同中有特别约定需要盖章才生效的情况，那么就需要按照约定来执行了。如果你还有其他关于合同的问题，可以直接向我咨询。